1.ลองหา tool ที่ทำงานด้านนี้โดยตรงครับ บน Google ผมคิดว่าไม่น่าจะหายาก
2.export จาก phpMyAdmin ออกมาก่อน แล้วค่อย import กลับเข้าไปยัง SQL Server โดยต้องตรวจสอบฟอร์แมตของไฟล์ที่รองรับของทั้ง db ให้ตรงกันครับ
3.เขียนโค้ดเพื่อ query จาก mysql ไปยัง SQL ด้วยตัวเอง ผมว่าวิธีนี้น่าจะง่ยสุดนะ ไม่ต้องหา แค่เขียนคำสั่ง SELECT จาก MySQL แล้วไป Insert ยัง SQL Server


ปล. ถ้าจำเป็นและทั้ง 2 db อยู่คนละ Server ไม่สามารถเชื่อมต่อระยะไกลได้ ให้ลองใช้วิธีข้อ 3 แต่บันทึกเป็นไฟล์ไว้ แล้วค่อยไป Impot เข้า SQL Server อีกที (ด้วยการเขียนโค้ดเอง) ก็ได้